Sejarah kemunculan kelompok Khawarij, Hashashiyyun dan pengganas di kalangan umat Islam menunjukkan walaupun Islam adalah sebuah agama yang menganjurkan kebaikan, ia boleh disalahtafsirkan untuk membenarkan perbuatan pelampauan yang ganas.
Khawarij adalah satu kelompok dari umat Islam dahulu yang pada asalnya menyokong saidina Ali sebagai khalifah setelah pembunuhan saidina Uthman. Mereka kemudiannya menarik sokongan berkenaan setelah saidina Ali bersetuju untuk menyelesaikan pertelingkahan beliau dengan Muawiyah mengenai pembelaan ke atas pembunuhan saidina Uthman dan jawatan khalifah melalui proses tahkim yang mana setiap pihak melantik wakil untuk berbincang dan membuat keputusan dalam masalah yang dipertikaikan. Golongan Khawarij mendakwa proses berkenaan bercanggah dengan ajaran Al-Quran kerana ia bermakna berhukum dengan hukuman manusia, bukan atas dasar hukum Allah. Atas dasar itu, mereka menghukumkan saidina Ali, Muawiyah dan para pengikutnya sebagai kafir yang layak untuk diperangi. Ini kemudiannya mengakibatkan pemberontakan bersenjata oleh Khawarij menentang saidina Ali dan Muawiyah sehingga menumpahkan banyak darah umat Islam.
Golongan Hashashiyyun pula adalah kelompok yang muncul di zaman pemerintahan Abbasiyah. Mereka melancarkan pemberontakan melalui kempen pengganasan ke atas para pegawai negara dan keluarga Abbasiyah. Mereka melakukan pembunuhan senyap sebagai membalas kekejaman dan ketidakadilan keluarga Abbasiyah ke atas golongan Shiah. Dari nama kumpulan inilah berasalnya istilah assassin dalam bahasa Inggeris.
Satu contoh salah tafsiran ajaran Islam bagi membenarkan pengganasan ialah pegangan kelompok penjihad masa kini yang berpendapat bahawa umat Islam memikul kewajiban untuk melancarkan jihad bersenjata secara berterusan ke atas semua orang bukan Muslim. Mereka berhujah bahawa ayat-ayat jihad yang membicarakan jihad terbatas bagi tujuan membela diri apabila diserang telah dimansukhkan oleh firman Allah taala yang bermaksud, “……bunuhlah orang-orang musyrik itu di mana sahaja kamu menemuinya dan tawanlah mereka, dan juga kepunglah mereka, serta tunggulah mereka di tiap-tiap tempat mengintipnya…..” (Al-Quran, 9:5). Bagi mereka, jihad bersenjata yang sedemikian adalah satu kewajiban yang kekal sehingga hari Kiamat dan matlamatnya ialah untuk memerangi semua bukan Muslim sehingga mereka memeluk Islam atau tunduk pada kekuasaan Islam. Oleh itu, dasar hubungan antara Muslim dan bukan Muslim ialah perang, bukan perdamaian. Mereka berpegang umat Islam tidak boleh mengikat perjanjian damai yang berkekalan dengan negara bukan Muslim. Jika perlu mengikat perjanjain damai, ia tidak boleh melebihi jangka masa sepuluh tahun. Pada pandangan mereka golongan bukan Muslim tidak akan sama sekali redha terhadap umat Islam dan membenarkan mereka hidup aman damai. Oleh itu, jihad bersenjata adalah satu-satunya bentuk hubungan yang boleh wujud antara Muslim dan bukan Muslim.
Apa yang dinyatakan menunjukkan bagaimana Al-Quran dapat ditafsirkan sedemikian rupa sehingga dapat menatijahkan pelampauan sebagaimana yang disaksikan pada hari ini. Persoalannya ialah mengapakah ini boleh berlaku jika Islam sememangnya satu agama yang murni yang didatangkan dari Tuhan yang Maha Pengasih? Dalam hal ini, empat sebab dapat dikemukakan untuk menjelaskan mengapa salah tafsir boleh berlaka terhadap Islam.
1. Syaitan dan nafsu sebagai punca pelampauan
Al-Quran memberitahu akan kewujudan syaitan yang telah bersumpah untuk membujuk semua anak Adam agar terpesong dari jalan Allah taala yang lurus sehingga hari Kiamat nanti (7:16-7, 15:39, 38:82). Selain itu manusia juga diciptakan dengan nafsu dalam dirinya yang sering kali mendorongnya ke jalan yang menyeleweng (28:50, 12:53, 45:23, 79:40).
Dalam hal ini, perspektif Al-Quran menunjukkan bahawa antara sebab penyelewengan dalam bentuk pelampauan agama yang menimpa umat Islam ialah tipu daya syaitan dan kelemahan manusia itu sendiri di sebabkan nafsu yang ada pada dirinya. Seringkali, syaitan bekerja dengan mengambil kesempatan dari nafsu manusia untuk menyelewengkan mereka dari ajaran sebenar Islam. Allah taala, dengan kebijaksanaannya, mencipta kedua elemen ini untuk menguji manusia, siapakan di antara mereka yang paling baik amalannya dan layak menerima ganjaran terbaik dariNya pula (67:2, 21:35, 5:48).
2. Sifat semulajadi agama
Islam adalah agama untuk manusia sehingga akhir zaman. Untuk memastikan agar Islam sentiasa relevan sepanjang masa, Allah taala sengaja menurunkan Al-Quran dengan ayat-ayat yang tidak bersifat muhkamat, iaitu ayat-ayat yang tidak mempunyai pengertian yang jelas dan muktamad yang membolehkan pelbagai tafsiran dibuat darinya. Ayat-ayat yang sebegini memberi keanjalan bagi para ulama untuk menyesuaikan ajaran Islam dengan perubahan zaman dan keadaan. Ia juga membolehkan para ulama melahirkan pelbagai hukum mengenai sesuatu isu dan ini pula memberi pilihan yang luas bagi seseorang itu yang perlu membuat pelbagai pertimbangan dalam sesuatu masalah atau memilih mana-mana pendapat yang dirasakannya benar dan dekat dengan objektif syariah sehubungan dengan masalah yang dihadapinya kerana sesetengah pendapat para ulama itu sesuai pada keadaan tertentu atau orang tertentu tetapi tidak sesuai pula bagi yang lain.
Namun pada waktu yang sama, keadaan sedemikian juga mewujudkan ruang bagi salah tafsiran untuk berlaku sehingga mengakibatkan pelampauan di kalangan Muslim. Sebagai contoh, Al-Quran mengemukakan dua jenis ayat mengenai jihad bersenjata: a) ayat yang bersyarat iaitu yang menetapkan jihad bersenjata hanya dibenarkan bagi tujuan mempertahankan diri (2:190, 2:193-4, 4:165, 22:39-40), b) ayat yang tidak bersyarat yang menganjurkan umat Islam melancarkan jihad bersenjata ke atas semua bukan Muslim (9:5, 14, 29, 36, 63, 123).
Untuk mengharmonikan pengertian kedua jenis ayat berkenaan, kelompok penjihad berpegang bahawa ayat-ayat yang tidak bersyarat memansukhkan ayat-ayat jihad yang bersyarat kerana ayat-ayat yang tidak bersyarat diwahyukan terkemudian dan di penghujung kehidupan Rasulullah s.a.w. Ini kemudiannya menatijahkan pandangan, sebagaimana yang dinyatakan sebelum ini, bahawa dasar hubungan antara Muslim dan bukan Muslim ialah perang bukan kehidupan harmoni secara bersama.
Pandangan kelompok penjihad ini pula, sebenarnya berbeza dengan pendapat yang dipegang oleh majoriti para ulama. Mereka menolak dakwaan berlaku pemansukhan kerana tiada dalil yang kukuh yang menunjukkan ayat-ayat mengenai jihad bersenjata yang tidak bersyarat telah memansukhkan ayat-ayat sebelumnya. Mereka sebaliknya berhujah bahawa kesemua ayat-ayat jihad tidak boleh ditafsirkan secara terpisah dari yang lain. Kesemuanya hendaklah dikaji secara bersama dan bersepadu bagi menghasilkan kefahaman jihad yang lebih tepat dan komprehensif. Dalam hal ini, para ulama bersetuju bahawa semua ayat-ayat Al-Quran yang tidak bersyarat, seperti ayat-ayat yang menyuruh memerangi orang bukan Muslim di mana pun mereka berada (9:5, 14, 36), hendaklah dibataskan pengertiannya oleh ayat-ayat yang bersyarat, iaitu ayat-ayat yang memerintahkan jihad bersenjata ke atas mereka yang memulakan serangan sahaja (2:190, 194). Dengan itu, pengertian ayat-ayat dalam surah At-Taubah (surah 9) yang tidak bersyarat tetap jatuh dalam pengertian ayat-ayat yang mensifatkan jihad bersenjata sebagai usaha mempertahankan diri sahaja.